A kiválasztott változat és az aktuális verzió közötti különbségek a következők.
Előző változat mindkét oldalon Előző változat Következő változat | Előző változat | ||
swquide [2013/02/01 18:28] dancsa |
swquide [2021/03/03 00:06] (aktuális) maulis 2019 aktualizálás |
||
---|---|---|---|
Sor 1: | Sor 1: | ||
====Programok futtatása: single task, pthread, OpenMP, MPI, PVM==== | ====Programok futtatása: single task, pthread, OpenMP, MPI, PVM==== | ||
- | Nagy számítási kapacitású rendszereknél elkerülhetetlenül szükség van arra, hogy az alkalmazások futását valamilyen módon összehangoljuk, | + | Nagy számítási kapacitású rendszereknél elkerülhetetlenül szükség van arra, hogy az alkalmazások futását valamilyen módon összehangoljuk, |
- | A rendszernek | + | A rendszernek |
===Futtatás a queue rendszeren keresztül az adott partíción=== | ===Futtatás a queue rendszeren keresztül az adott partíción=== | ||
- | *'' | + | *'' |
- | *'' | + | *'' |
- | *'' | + | |
===Single task programok futtatása=== | ===Single task programok futtatása=== | ||
- | Az egész cluster igazából párhuzamosított | + | Az az atlasz tervezési célja a többszálú, |
- | ==1 darab egyszálú program indítása a fejgépen== | + | ==1 darab egyszálú program indítása a login node-on== |
A programot indítsa egy script. Példában a neve '' | A programot indítsa egy script. Példában a neve '' | ||
- | sbatch -p atlasz | + | sbatch -p login -n 1 startscript.sh |
- | ==8 darab egyszálú program indítása valamelyik számoló node-on== | + | ==8 darab egyszálú program indítása |
A programot indítsa egy script. Példában a neve '' | A programot indítsa egy script. Példában a neve '' | ||
Sor 34: | Sor 33: | ||
wait | wait | ||
</ | </ | ||
- | sbatch -p hpc2009 | + | sbatch -p hpc2019 |
+ | ==8 darab egyszálú program indítása 8 különböző jobként== | ||
+ | |||
+ | A programotokat indítsa egy script. Példában az első programot indító script neve '' | ||
+ | sbatch -p hpc2019 -n 1 startscript01.sh | ||
+ | sbatch -p hpc2019 -n 1 startscript02.sh | ||
+ | sbatch -p hpc2019 -n 1 startscript03.sh | ||
+ | sbatch -p hpc2019 -n 1 startscript04.sh | ||
+ | sbatch -p hpc2019 -n 1 startscript05.sh | ||
+ | sbatch -p hpc2019 -n 1 startscript06.sh | ||
+ | sbatch -p hpc2019 -n 1 startscript07.sh | ||
+ | sbatch -p hpc2019 -n 1 startscript08.sh | ||
===Pthread vagy OpenMP programok futtatása=== | ===Pthread vagy OpenMP programok futtatása=== | ||
A programot indítsa egy script. Példában a neve '' | A programot indítsa egy script. Példában a neve '' | ||
- | sbatch -p hpc2009 | + | sbatch -p hpc2019 |
- | Ekkor a queue rendszer lefoglal 1 node-ot (-N) és azon egy példányban elindítja a '' | + | Ekkor a queue rendszer lefoglal 1 node-ot (-N) és azon egy példányban elindítja a '' |
- | Érdemes automatizmust gyártani, ami megállapítja a CPU (magok) számát. | + | |
- | | + | A " |
- | *c: sysconf(_SC_NPROCESSORS_ONLN) | + | |
+ | Érdemes automatizmust gyártani, ami ennek megfelelően indítja az OpenMP vagy Pthread programot. | ||
+ | |||
+ | Rengeteg olyan Openmp vagy Pthread programmal találkoztunk, | ||
==Open MPI programok futtatása== | ==Open MPI programok futtatása== | ||
- | Az összeakadások elkerülése végett egy számoló node nem osztozik több feladaton. Erőforrást allokálni node-onként lehet. | ||
Az indításhoz kell egy wrapper, például startscript.sh. Nézzen így ki: | Az indításhoz kell egy wrapper, például startscript.sh. Nézzen így ki: | ||
Sor 56: | Sor 68: | ||
* indítás 4 node-on, mindegyiken 8 magon | * indítás 4 node-on, mindegyiken 8 magon | ||
- | * '' | + | * '' |
- | * indítás 4 node-on, mindegyiken 16 szálon | + | * indítás 4 node-on, mindegyiken 16 szálon |
- | * '' | + | * '' |
- | Ugyan a HyperThreading használatával az egy szálra jutó teljesítmény csökken, azonban az eredő teljesítmény eddigi tapasztalataink szerint jobb. A 8 gyors szál kevesebbet tud, mint a 16 lassabb szál. Azonban eddigi tapasztalataink alapján az erős lebegontos számításokat végző programoknál a HyperThreading hátrány. | + | Javasoljuk tesztelésképpen kipróbálni, |
- | Amenmyiben az alkalmazás magonként több mint 1.5 Gbyte memóriát igényel, úgy nem lehet minden magon futtatni. Ha például az alkalmazás szálanként 6 Gbyte memóriát igényel, úgy indokolt lehet az egész node-ot allokálni, de csak 2 szálat futtatni. | + | Amenmyiben az alkalmazás magonként több mint 5 Gbyte memóriát igényel, úgy nem lehet minden magon futtatni. Ha például az alkalmazás szálanként 6 Gbyte memóriát igényel, úgy indokolt lehet további paramétereket adni a sbatch parancsnak: |
- | * indítás | + | * indítás |
- | * '' | + | * '' |
- | ===MPICH2 programok futtatása=== | ||
- | Hasonló az Open MPI programok futtatásához, | ||
===PVM programok futtatása=== | ===PVM programok futtatása=== | ||
- | |||
- | ==PVM programok használata pvm-students (ORSI hallgató) csoport számára== | ||
- | |||
- | A [[pvm-students]] csoport csak a [[hpc2005]] partíciót használhatja (blade01..blade12). Azokra interaktívan be is léphet, de a fejgépen kiadott pvm konzol esetén is használhatja azokat. A queue rendszer használata nem feltétel. Bővebben lásd -> [pvm-students]]. Tényleg olvasd el. | ||
==PVM programok használata a queue rendszeren keresztül== | ==PVM programok használata a queue rendszeren keresztül== | ||
- | Az összeakadások elkerülése végett egy számoló node nem osztozik több feladaton. Erőforrást allokálni node-onként lehet. | ||
Az indításhoz kell egy wrapper, például '' | Az indításhoz kell egy wrapper, például '' | ||
<file bash startscript.sh> | <file bash startscript.sh> | ||
Sor 84: | Sor 89: | ||
pvmrun / | pvmrun / | ||
</ | </ | ||
- | *indítás 4 node-on, HyperThreading on: | + | *Például |
- | * '' | + | * '' |
A pvmrun parancs automatikusan elinditja a pvmd -ket, beallitja a pvm konfigurációt (hostfile) annak megfelelően, | A pvmrun parancs automatikusan elinditja a pvmd -ket, beallitja a pvm konfigurációt (hostfile) annak megfelelően, | ||
Sor 91: | Sor 96: | ||
A pvm konzolt hívni külön nem kell. A kimenetként kapott slurm-`job-id' | A pvm konzolt hívni külön nem kell. A kimenetként kapott slurm-`job-id' | ||
- | ==PVM programok használata interaktívan a hpc2005 partíción== | + | |
- | A partíció gépeire az rlogin paranccsal be lehet lépni. Ezek a gépek: blade01...blade12. Ott használható a pvm konzol. Időnként a látványosan beragadt taszkokat kilőjük. Természetesen a queue rendszerrel is lehet a hpc2005 partíción pvm programokat futtatni (lásd feljebb) azokat nem lőjük ki. | + |